El papel biomecánico que soporta la carga del disco intervertebral se rige por la composición y la organización de sus principales componentes macromoleculares, colágeno y agrecano.

El mayor proteoglicano del cartílago es el agrecano una proteína muy grande en la cual se encuentra KS en dos dominios separados. La mayoría de KS se une mediante enlaces O al agrecano entre las regiones G2 y G3 caracterizadas por una secuencia de seis aminoácidos repetidos.

Esta secuencia está altamente conservada en las diferentes especies vertebradas, pero el número de unidades repetidas varía. Esta variación puede suponer las diferencias de contenido de KS en el agrecano de diferentes especies. Esta secuencia no se conserva en los roedores, y en estas especies el KS esquelético está altamente reducido o ausente. KS también está unido a agrecano cerca del extremo N de la proteína en el dominio de unión HA tanto en las formas de unión N- y O-.11 Las cadenas de KS en la región de unión HA pueden tener diferente largaria y sulfatación comparado con las cadena de la región de unión GAG de la molécula. Esto sugiere que la conformación de la proteína en esta gran molécula puede controlar el acceso de glicosil o sulfotranserasa durante el paso a través de Golgi.