Una de las tres hojas embrionarias o capas celulares que constituyen el embrión.

Su formación puede realizarse por enterocelia o esquizocelia a partir de un blastocisto en el proceso denominado gastrulación.

En el proceso previo a la formación del mesodermo y a la gastrulación, existen dos capas, el hipoblasto y el epiblasto.

Las células epiteliales del epiblasto se transforman en células mesenquimatosas con capacidad migrante, se invaginan y dan lugar a las 3 capas embrionarias, empujando al epitelio del hipoblasto hacia el saco vitelino.

A través del proceso de mitosis del ectodermo se origina una tercera capa de células, situada entre el ectodermo y el endodermo llamada mesodermo. Los animales que poseen esta tercera hoja embrionaria, son denominados Triblásticos y pertenecen al grupo Bilateria.

Comúnmente se divide en mesodermo paraxial, mesodermo intermedio y mesodermo lateral.

En los Vertebrados, a lo largo del desarrollo el mesodermo se diferenciará en cinco tipos que formarán los distintos tejidos mesenquimales:

Mesodermo cordado (cordamesodermo). Este tejido dará lugar a la notocorda, órgano transitorio cuya función más importante es la inducción de la formación del tubo neural y el establecimiento del eje antero-posterior. Mesodermo dorsal somítico. Las células de este tejido formarán las somitas, bloques de células mesodérmicas situadas a ambos lados del tubo neural que se desarrollarán para dar lugar a otros tejidos como el cartílago, el músculo, el esqueleto y la dermis dorsal.

Mesodermo intermedio. Formará el aparato excretor y las gónadas.

Mesodermo latero-ventral. Dará lugar al aparato circulatorio y va a tapizar todas las cavidades del organismo y todas las membranas extraembrionarias importantes para el transporte de nutrientes. Mesodermo precordal. Dará lugar al tejido mesenquimal de la cabeza, que formará muchos de los tejidos conectivos y la musculatura de la cara.